Система послевузовского образования включает два направления: первое – подготовка и аттестация специалистов высшей квалификации в аспирантуре (65 специальностей), докторантуре (15 специальностей); а также в форме соискательства.

Второе направление – система получения второго высшего образования, стажировки, повышения квалификации. В университете действует Центр-Интернет образования, осуществляется подготовка, переподготовка и повышение квалификации кадров в области информационных технологий и информационной безопасности.

В СГУ разработана и реализуется комплексная программа подготовки и аттестации специалистов высшей квалификации.

При университете работают диссертационные советы, имеется Центр мониторинга послевузовского образования, выработано Положение о рекомендации выпускников университета в аспирантуру.

Университет, заключая договор с аспирантами, соискателями, оказывает научно-методическую, материальную помощь будущим элитным специалистам в подготовке и оформлении диссертации.

Для эффективного функционирования системы повышения квалификации, научного потенциала молодых ученых особенно необходимы договоры СГУ с ведущими научными учреждениями.

Особое внимание при организации научно-исследовательской и научно-инновационной деятельности уделяется формированию сегментов научной инфраструктуры, создаваемых совместно с подразделениями РАН и другими государственными академиями. Университет имеет долгосрочные договоры о научно-техническом сотрудничестве с 20 структурными подразделениями РАН и РАО.

На основании договоров о сотрудничестве и учредительных договоров создано 10 совместных научных структурных подразделений: Отдел социально-политических проблем Кавказа ЮНЦ РАН при СГУ (науч. рук. проф. Шаповалов В.А., зав. лаб. отд. проф. Авксентьев В.А.); Лаборатория биоресурсов, биологически активных веществ и новых материалов ЮНЦ РАО и СГУ (науч. рук. проф. Шаповалов В.А., зав. лаб. д-р техн. наук Ищенко В.М.); Межведомственный научно-образовательный центр истории науки и техники Института истории естествознания и техники им. С.И. Вавилова РАН и СГУ (рук. д-р геогр. наук Лиховид А.А.); Проблемная научно-исследовательская лаборатория (ПНИЛ) русской литературы XXI века: проблемы духовности Института русской культуры (Пушкинский дом) РАН и СГУ (рук. проф. Бронская Л.И.); ПНИЛ интеллектуальной истории Института всеобщей истории РАН и СГУ (рук. д-р ист. наук Крючкова И.В.); ПНИЛ исследований социально-политических процессов на Северном Кавказе Института социально-политических исследований (ИСПИ) РАН и СГУ (рук. д-р социол. наук Ерохин А.М.); ПНИЛ региональной элитологии ИСПИ РАН и СГУ (рук. проф. Новикова О.С.); ПНИЛ гендерологии и гендерной конфликтологии ИСПИ РАН И СГУ (рук. доц. Андреева Н.И.); ПНИЛ этноконфликтологии Института социологии РАН и СГУ (рук. проф. Авксентьев В.А.); ПНИЛ психодиагностики и формирования способностей учащейся молодежи Института психологии РАО и СГУ (рук. проф. Озеров В.П.).

В связи с изменениями порядка сдачи экзаменов кандидатского минимума, в частности введения нового кандидатского экзамена по Истории и философии науки, в университете проведен ряд организационно-методических мероприятий: разработана программа курса с учетом научных специальностей и отраслей наук, по которым ведется подготовка в аспирантуре университета; определен состав преподавателей, которые читают курсы по философии истории отдельных отраслей науки; организовано прохождение данными преподавателями повышения квалификации, создана кафедра философии и истории науки ,на базе которой осуществляется подготовка и сдача кандидатского экзамена по истории и философии науки; разрабатывается его учебно-методическое обеспечение.

В соответствии с приказом Рособразования обучение на курсах повышения квалификации осуществляется по следующим направлениям:

«История и философия науки», «Менеджмент в образовании», «Современные педагогические технологии», «Информационно-коммуникационные технологии».

В СГУ продолжается работа по совершенствованию информационной системы управления в области послевузовского профессионального образования: создан Центр мониторинга послевузовского профессионального образования, имеющий собственный программно-аппаратный комплекс, включающий три модуля:

- «Аспирантура (докторантура)»;

- «Диссертационный совет»;

- «Служба анализа и статистики».

Создание Центра мониторинга послевузовского профессионального образования университета, включение указанного программного комплекса в общую автоматизированную информационную систему университета позволило усовершенствовать процесс управления и контроля качества системы послевузовского профессионального образования, собирать, хранить и обрабатывать информацию о деятельности диссертационных советов, действующих при университете, автоматизировать делопроизводство, качественно и быстро готовить ежегодный отчет о результатах послевузовского профессионального образования университета.