Наибольшего развития «братские» школы достигли в конце XIX века в Поволжье.

Система Ильминского как явно реакционная использовала родные языки не как средство распространения светских общеобразовательных знаний и подъема культуры народов России, а как средство насаждения и распространения среди них православной веры и монархических убеждений. Однако использование родного языка в этих школах, вопреки системе Ильминского, стимулировало развитие родных языков, обогащало их новой лексикой и содействовало некоторому росту общей грамотности самого населения.

В местностях с мусульманским населением издавна существовали конфессиональные школы (мактабы, медресе и др.), которые являлись рассадником религиозного фанатизма и пантюркизма. В противовес им царским правительством создавались особые правительственные школы для многочисленных народов России, в этих школах преподавались светские науки подготовленными учителями, владеющими новыми дидактическими средствами.

Образовательный уровень, общая организация учебной работы и методы обучения были выше, чем в мусульманских школах; но на первом плане здесь стояли колонизаторские цели – подготовка из среды коренного населения преданных царской власти людей.

Русско-туземные школы для мусульманского населения Средней Азии и Северного Кавказа с русификаторскими целями начали открываться в 80-х годах XIX века. По своей программе эти школы отличались от русских министерских школ только преподаванием магометанского вероучения. Обучение в русско-туземных школах проводилось на русском языке, кроме вероучения, преподававшегося на родном языке учащихся. Предполагалось, что при посредстве оплачиваемых мулл, преподававших вероучение, царизму удастся преодолеть недоверие населения к этим школам.

Царское правительство чинило всяческие препятствия в деле развития национальной школы и народам с древней и высокой культурой, какими, например, являлись грузины и армяне. Преподавание в школах Грузии и Армении велось обычно на русском языке. Попытки борьбы в Грузии и Армении с русификацией школ вызывали суровые правительственные репрессии. В Азербайджане и в других районах Кавказа царское правительство пыталось насаждать с русификаторскими целями так называемые горские школы, которые вследствие отрицательного отношения к ним населения значительного распространения не получили.

За преподавание в школах на родном языке учащихся десятки лет велась борьба в Литве и Белоруссии. Родной язык запрещался и преследовался, что задерживало развитие национальных культур. По закону от 18 мая 1876 года, сохранившему свою силу вплоть до Великой Октябрьской социалистической революции, запрещалось обучение на родном языке и в школах Украины. К концу XIX века сильно обострилась также борьба за национальную школу в Прибалтике, у латышей и эстонцев.

Благоприятные действия на борьбу нерусских народов за широкое национальное просвещение и развитие прогрессивной педагогической мысли оказали революционно-демократическое движение 60-х годов, активная деятельность передовых русских педагогов: Н.Г. Чернышевского, Н.А. Добролюбова, Н.И. Пирогова, К.Д. Ушинского и его последователей, Л.Н. Толстого.

В конце XIX-начале XX века в районах, населенных мусульманскими народами, развилось движение за преобразование мусульманских школ, называемое джадидизм (от арабского «джадид» – новый). Сторонники этого движения стремились изменить содержание и методы обучения в медресе (отчасти и в мактабах), они предлагали ввести в мусульманские школы общеобразовательные предметы, родной и русский языки, но при непременном сохранении ведущей роли за магометанской религией. Джадиды создали различные общества, которые проводили в жизнь эту программу, издавали новые учебные пособия и распространяли их в школах, создавая джадидистские, или, как их называли, новометодные школы.