Каптерев испытывал на себе мощное влияние русской физиологической школы Сеченова и его учеников – поэтому так много внимания он уделял роли физиологических процессов в воспитании. Несомненно, это было прогрессивно и полезно для педагогики конца XIX – начала XX века. Однако, как показали исследования позднего периода, биологические предпосылки – лишь условия для овладения культурой. Мозг первобытного человека по сравнению с современным мало изменился. Только в человеческом обществе создаются социальные механизмы трансляции культуры. Образование и воспитание преследуют цель вооружить человека знаниями, умениями и навыками, с помощью которых в процессе творческой деятельности он овладевает культурными ценностями.

Взгляды Каптерева на процесс усвоения культуры ребенком принципиально отличались от подходов официальной педагогики. Разговоры о человеческой душе, не опирающиеся на глубокое знание физиологических и психических процессов, – чистая схоластика, заявлял Каптерев. Духовная жизнь развивается на основе телесной, она связана с деятельностью мозга, нервов, мускулов, крови, находится под глубоким и всесторонним влиянием телесности. Все педагогические советы, рекомендации, не основанные на знании физиологии и психологии ребенка, носят абстрактный характер и ничего, кроме вреда, не приносят ребенку.

Направляя острие критики против педагогического официоза, Каптерев протестовал против книжного обучения, отрыва ребенка от окружающей природы. Ужасно, заявлял он, что городской ребенок знакомится с миром природы в парках и зоологических садах Только тогда нормально разовьются его ум и чувства, воображение и творчество, когда он проникнется силой и красотой природного естества. Эта обращенность к природе, понимание важности «естественных» факторов в социализации станет важной идеей, которую усвоят учителя-практики «новых школ» России.

В развитии личности, ее самосовершенствовании главная роль принадлежит семье, только через семейное воспитание ребенок может прийти к человечеству и богу

Семейное и общественное воспитание, взаимодополняя друг друга, всесторонне формируют ребенка. Семья должна позаботиться о предоставлении детям условий для занятий, помочь им избежать дурных влияний, руководить чтением школьников, изолируя их от вздорных и безнравственных книг. Родительское участие в жизни школы должно быть обязательным. По оценкам родительской общественности учителя должны судить о влиянии школы на настроение детей, их физическое, умственное и нравственное развитие. Семейное воспитание Каптерев называл «новооткрытой областью научной педагогики» и призывал связать образовательный процесс в школе с традициями и обычаями семейного воспитания. Под его редакцией вышла первая в России и уникальная в истории педагогики «Энциклопедия семейного воспитания», в которой приняли участие такие известные педагоги и психологи, как А.Ф.Лазурский, И.А.Сикорский, А.Н. Острогорский, Е.И.Тихеева.