Это была внутренняя эмиграция из центра в провинцию для того, чтобы сохранить жизнь и воспитать учеников. Однако и здесь Каптереву пришлось отстаивать свои позиции. Всю жизнь он боролся за открытость и свободу образования для всех желающих и думал, что эта проблема была решена. Во всяком случае, в декларациях большевиков образование провозглашалось доступным и всеобщим. На самом же деле ничего подобного не произошло. В первую очередь места в вузах предоставлялись коммунистам и комсомольцам, затем рабочим и беднейшим крестьянам, и только на оставшиеся места принимались представители остальных социальных групп. Важнейшим был экзамен по политической грамотности. Лишенным фундамента образования, не имевшим вкуса к систематической напряженной работе студентам старый профессор казался не просто «контрой», а осколком ненавистного старого мира. В насыщенной политикой и непримиримостью послереволюционной атмосфере Каптерев с кафедры говорил о бестрепетной, как суд, науке, которая устанавливает вечные и непреложные истины. Для него наука представлялась храмом культурных идеалов и мастерской создания инструментария объективного изучения педагогического процесса. Наука может процветать, если она далека от политики, и никакая партия не должна вмешиваться в ее дела, утверждал ученый. Сама академичность и фундаментальность чтения лекций, тщательность работы с материалом была непонятна и чужда слушателям, мышление которых формировалось на митингах. Его недовольство уровнем подготовки студентов и предложение создать подготовительные курсы вызвало шок и подозрения в саботаже. Студентов вызывали в органы и спрашивали, не протаскивает ли старый профессор в своих лекциях антиматериалистические, антимарксистские, антисоветские идеи. Сотрудники ГПУ действовали в соответствии с указанием Дзержинского организовать слежку за профессорско-преподавательским составом университета. «На каждого интеллигента должно быть дело. Каждая группа и подгруппа должны быть освещаемы всесторонне компетентными товарищами, между которыми эти группы должны распределяться нашим отделом. Сведения должны проверяться с разных сторон так, чтобы наше заключение было безошибочно и бесповоротно, чего до сих пор не было из-за спешности и односторонности освещения». (Тополянский В. На каждого интеллигента должно быть дело // Лит. газета. 1993. 11 августа).

В роли «компетентного товарища» выступила Н.К.Крупская, написавшая рецензию на статью П.Ф. Каптерева, опубликованную в журнале «Педагогическая мысль» в 1921 году. Ее возмутила своим протестующим тоном даже вставка «От редакции журнала», членом редколлегии которой был Каптерев. В ней говорилось о катастрофическом положении дел в народном образовании, о невозможности нормальной работы редколлегии и выхода журнала в срок. «Если ко всему прибавить, – утверждалось в обращенной к читателям заметке, – моральные огорчения, обусловленные частыми потерями близких людей, то похищаемых смертью, то волею судеб удаляемых за пределы досягаемости, перед нашими глазами ясно встает картина той ужасающей обстановки, при которой приходилось работать нашим сотрудникам». Естественно, что тема заявления не могла понравиться Надежде Константиновне, так же как и характер опубликованной в журнале статьи Каптерева «О школьном самоуправлении и школьной дисциплине». Замысел автора она оценила как стремление «втоптать в грязь пробудившееся в юношестве стремление к организации деятельных работников». После первых страниц чтения текста Каптерева у нее возникло желание бросить читать, ибо что может сказать педагог, с такой ненавистью говорящий о молодежи, которая рвется по-новому организовать жизнь школы. «Каким затхлым духом веет от всего этого и как далек П.Ф. Каптерев от современной молодежи!» – восклицает Н.К.Крупская, выступая судьей идей Каптерева и журнала. Естественно, журнал вскоре закрыли, а Каптереву на долгие годы приклеили ярлык «не понявшего значения Октябрьской революции в области народного образования». (Крупская Н.К. Пед. соч.: В 6 т. Т. 2. С. 99-103).