В 1857 году у Н.А. Вышнеградского созрел план такого женского учебного заведения, куда небогатые семьи могли бы посылать дочерей для основательного образования, за незначительную плату. В конце того же года он представил в совет Павловского института свои соображения о возможности открыть при том же институте особые классы для приходящих девиц, которые посещали бы их из своих семей и слушали бы уроки по институтской программе. Помещение для этих классов он предполагал найти в одном из частных домов, ближайших к институту.

По его замыслам женское училище должно было состоять под покровительством императрицы Марии Александровны и называться её именем - Мариинское женское училище, подчиняясь главному совету. Ближайшее заведование училищем вверялось, по назначению государеву, особому попечителю, а для непосредственного наблюдения за обучением девиц назначались начальник и главная надзирательница с утверждения государыни, назначение же прочего педагогического персонала утверждалось попечителем.

К обучению допускались девицы всех свободных состояний. Комплект определялся в 250 учениц, но допускалось и большее число, если имелись средства для открытия параллельных классов.

Учебный курс включал в себя: русский язык, Закон Божий, словесность, историю, географию, естествознание, арифметику, геометрию, французский и немецкий языки, начала педагогики, чистописание, рисование, пение, женские хозяйственные рукоделия, танцы и рукоделие.

Иностранные языки и танцы были необязательными предметами, и за их обучение вносилась дополнительная плата.

Вышнеградский и другие педагоги - Д.Д. Семенов, В.Я. Стоюнин, К.П. Петров, позже - И. Рашевкий, А.Н. Страннолюбский, стремились дать ученицам серьезное образование и развить их умственные способности. Большое значение они предавали естественным наукам.

Окончившим педагогическое отделение выдавалось свидетельство «домашней учительницы».

В 1879 году было утверждена единая для всех Мариинских женских гимназий программа обучения. Перестройка курса велась в направлении приближения его к курсу в институте благородных девиц, приспособленного к «особенностям женской природы» и «назначению женщины». Принятая в 1905 году «Нормальная учебная программа» окончательно уровняла учебный курс гимназии с институтским курсом.

Следует отметить, что в Мариинских гимназиях складывались своеобразные виды и формы внеклассной работы: общеобразовательные чтения для учениц, литературные беседы, встречи с писателями и литературными деятелями, лекции о текущих событиях, дополнительные чтения по курсу наук, выпуск гимназических журналов.

Женские гимназии ведомства императрицы Марии были платными учебными заведениями, причем плата за обучение превышала плату в мужских гимназиях. Сеть женских гимназий и прогимназий быстро расширялась: в 1880 году было 79 гимназий, 1887 году - 106 гимназий и 180 прогимназий. К 1909 году число женских гимназий и прогимназий составило 958.

30 сентября 1918 года было принято «Положение о единой трудовой школе РСФСР», а с 1 октября того же года учебные заведения всех ведомств перешли в ведение Народного комиссариата по просвещению. Так закончилась деятельность Ведомства учреждений Императрицы Марии, а также деятельность подведомственных ему учреждений, а богатейший опыт, накопленный ими в обучении и воспитании, был, на долгие года предан забвению